أعلنت الكنيستان «الإنجيلية» و«الكاثوليكية» رفضهما لما ورد فى محاضرة الأنبا بيشوى «من تساؤلات غريبة حول القرآن»، دشن عدد من نشطاء الفيس بوك «جروب» باسم «أزهريون» طالبوا فيه البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية،بـ«الاعتذار الرسمى» عما نسب لسكرتير المجمع المقدس
وخصصت الكنيسة الأرثوذكسية حلقة من برنامج «نبض الكنيسة»، الذى يشرف عليه الأنبا آرميا، سكرتير البابا، على قناتها الفضائية «أغابى» لتحسين صورة الأنبا بيشوى. وتضمنت الحلقة، التى استضافت القمص بطرس بطرس، وكيل الأنبا بيشوى، هجوما على الدكتور محمد سليم العوا، بخصوص تصريحاته ضد الكنيسة، مع الحرص على إظهار حسن نية الأنبا بيشوى وعدم سعيه للإساءة للمسلمين.
وتلقى البرنامج مكالمات من أساقفة المجمع المقدس المشاركين فى مؤتمر العقيدة الآخير - الذى تضمن الكتاب الرسمى الخاص به المحاضرة التى تسببت فى الأزمة الحالية - أثنوا خلالها على «الصفات الطيبة» التى يتمتع بها بيشوى، والمراكز التى يشغلها فى الكنيسة و«الدور المهم»، الذى يلعبه داخل مصر وخارجها.
وحذر الأنبا بنيامين، أسقف المنوفية، من خطورة اتهام بيشوى من قبل بعض الكتاب ووسائل الاعلام بـ«صانع الفتنة»، مشددا على أن هذا الاتهام لشخصية فى حجم ووضع بيشوى ستترتب عليه «عواقب وخيمة».